今回のご依頼は、さくらインターネットサーバーにwordpressをインストール後に独自ドメインに設定変更とサブディレクトリ（/wp）を外す作業を同時にご自身でされ、フォルダを移動したりしている途中で分からなくなってしまい、サイトにもアクセス出来なくなったとの事でした。
詳しい状況は解らずでのスタートです。
サイト復旧作業の手順
一先ず独自ドメインでアクセスしてみます。
サイトURL（独自ドメイン）にアクセスしてみます。
はい。真っ白です。
続いて、サイトURL/wp-admin も試みますがアクセス出来ず。
次はデータベースを見てみます。
php my adminでデータベースにアクセス
ファイルマネージャーから、wp-config.php を開いてデータベース名、ユーザー名、パスワードを確認します。
次にコントロールパネルから「管理ツール ログイン」をクリック。
php my admin を立ち上げます。
先ほどのユーザー名とパスワードを入力します。
データベース名を探し、その中の「options」を開きます。
そうするとsiteurl とhome というのが見つかります。 独自ドメインでは無く、さくらサーバーの初期ドメインの設定のままでした。まだ/wpも付いたままです。
一旦変更はせずに初期ドメインのまま、サイトを復旧します。
ファイルマネージャーに戻り、現状を確認してみます。
/wpフォルダの中には全くファイルがありませんでした。 ドメイン直下にフォルダが３つあり、その中を探してみます。
違うフォルダの中に、phpファイルがありました。
でも、wp-admin,wp-content,wp-includes がありません。３つのフォルダ内にバラバラになってしまっているようです。
また別のフォルダに、wp-admin,wp-content,wp-includes がありました。
チェックをつけて、左上のところで操作パネルを開き、全てを/wpのフォルダに移動させます。
（画像は移動後なので右側のファイル一覧にファイルがあります。ご了承下さい。）
初期ドメイン /wp でアクセスして復旧を確認
初期ドメイン /wp でアクセスでサイトが表示されました！
一先ず復旧です。
続いて、独自ドメインに変更と/wpを変更します。
独自ドメインに変更と /wp 無しに変更
初期ドメイン/wp/wp-admin 管理画面にアクセス
管理画面へログインし設定へと進み、独自ドメインに書き換えます。そして「サイトアドレス」のみを wp 無しに変更します。ここ重要です！
変更を保存します。保存後はサイトにアクセス出来なくなりますが、そのままで大丈夫です。
ファイルマネージャーに戻ります。
index.php をドメイン直下に複製します。 （さくらサーバーの場合は一番上、 /home/ユーザー名/www）
複製したドメイン直下の、index.php を開きます。
/wp を付け足します。保存します。
独自ドメインでアクセスしてみて表示を確認して下さい。 通常ですとバッチリ完了なのですが、今回はサイトが見れません。
さくらサーバーの管理画面よりドメイン設定に進みます。
独自ドメインにパス（フォルダ）が設定されていました。 変更をクリックしてフォルダ名を消して保存します。これでドメイン直下にアクセスすることになります。
もう一度独自ドメインにアクセスします。今度はバッチリ作業完了です！
さくらサーバーの初期ドメインから独自ドメインへのリダイレクト設定
仕上げに、SEO的にあまり良くないと言われている初期ドメインからのアクセスを独自ドメインにリダイレクト（転送設定）をします。
手順はこちらの記事を参照下さい。
これで、
上記のどれにアクセスしてもhttp://独自ドメインにリダイレクト（転送されます。）
まとめ
今回の案件は、管理画面よりドメインの変更もされていな状態で、FTPでフォルダ内のファイルのみを動かしてしまい、サイト表示が出来なくなったのと、さくらサーバーのコントロールパネル上のドメイン設定も出来ていなかった、２つが原因でした。
データの移動では無く削除などをされてしまっていたら、大変でしたが正しいフォルダへの移動とドメイン設定で復旧出来ました。
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